芝山开元寺是福州市现存最古老的寺院之一，始建于梁太清三年(549年)，距今近1500年历史，是南无消灾延寿药师佛的著名道场。历史上的范围，东起现井大路，西至今尚宾路，南达现三牧坊，北抵今龙山巷，曾为皇家寺院、宗庙，为福建省与福州市两级重点文物保护单位，是日本真言宗祖师空海大师、日本天台宗祖师圆珍大师、印度密宗高僧般若怛罗大师于唐代入华修学之地。曾得到闽王王审知、王鏻父子极力护持。宋代刊刻佛教经典大工程《毗卢大藏经》全藏，历时40年在寺中刻成。近代创办全国第一家规模较大的佛教医院，为现福州中医院前身。

现存文物有五代后梁贞明四年所铸的千年特大型铁佛阿弥陀佛，佛身高5.96米、宽4米、重10吨以上，为全国最早、最重、最大的古代特大型宗教造像铁铸件；宋代七层石塔；宋代石槽；明式阁楼；清代殿堂。

现存建筑有外山门、内山门、药师殿（灵源阁）、铁佛殿、毗卢藏经阁、观音阁、四面佛阁、明旸法师图书馆、宝松和尚纪念楼、提润和尚纪念楼、空海大师纪念堂、108罗汉堂、观音苑、禅悦斋、僧寮。办有佛教老年安养院，免费安置赡养贫困老人数十位。以秘方配制的佛教中草药救死扶伤。

近年来，福州开元寺还创办了福建开元佛教文化研究所，致力于挖掘、整理、研究、发扬佛教文化精华。该所为中国人民大学宗教学教学实习基地。2007年底于福建师范大学设立“福州开元寺励青奖学基金”，长期资助贫寒学子完成学业。