紫竹林寺原名“宝山岩”，又名“董内岩”。以岩形肖“向天狮”，为禾岭十八狮之一，其地复称“社后向天狮”。传说明末里人吴善士掘土得宝，因就地建寺供佛。

清康熙年间（1662-1722年），有光隐和尚竹杖斗笠，飘然飞锡，数年间重兴梵宫琳宇。平日除诵经修持外，率徒穷耕力食，不与人世争名利，独著高风。释光隐积46年衣钵之资购置田园，以为本岩子孙斋粮。岩左后方有“圣泉”石刻，岩下石罅中清泉涓流。岩后山有古道，清嘉庆二十五年（1815年），乡人张永标出资修造，自董内岩边起，至向天狮山后止，并自为题记，勒石于后山“古道春荫”附近崖石上。寺后有天然洞穴名“白云洞”，为历代高僧隐居静修之所。1927年，黎元洪应宝山岩住持释明心之请，为题“白云洞”。在此前后，十方善信捐资重修。1939年，释妙正皈依曹洞宗觉斌和尚，为岩寺住持。寺院占地566.75平方米。后来转换为黄檗宗僧人住持。

1991年市政府批准紫竹林寺为开放寺庙，翌年划拨近5000平方米为修复用地。1994年，台湾香光尼众佛学院院长比丘尼悟因尼师捐赠人民币200万元，建造紫竹林寺大雄宝殿。1996年市政府复拨2000多平方米山地，作为闽南佛学院尼众部配套设施用地。新加坡、香港钟氏家族钟江海、钟明辉等诸大德居士捐赠人民币650万元，肇建教学楼、学生宿舍楼、法师楼、常住楼、五观堂等5座楼房。1998年，钟氏家族又捐款200万元，建造建筑面积为1600平方米的学院图书馆。至是，作为闽南佛学院尼众部的紫竹林寺占地面积共有1.78万平方米，严严翼翼，蔚然大观。

新建紫竹林寺是一座园林式的寺院和佛学院校。周围重岗叠阜，凤翥龙蟠，满山树茂林密。大雄宝殿高踞山阿，坐东朝西，五开间五进深，外表歇山三檐三层，实则2层，雄伟豪迈。大殿之右为钟林美楼，即学院后勤部法师楼，共3层，东端一亭屹立；大殿之左为钟叶荣华楼，即学院尼众学员宿舍楼，共4层；宿舍楼南侧为钟林俭楼，即学院教学楼，曲尺形，共3层，两端层层收分，三楼之上加盖廊亭。宿舍楼与教学楼之间为宽敞的庭院。山门左上方为钟王丕楼，即任课教师宿舍楼，4层；山门通大雄宝殿是一条有三级台地数十级踏步递进向上的台阶，台阶左侧钟林快楼依山而建，前部4层，后面2层，色彩明快。台阶右侧为学院五观堂，上下两层，利用山势地形构建。

闽南佛学院1985年复办，女众部师生一度借用万石莲寺、天界寺食住上课。1995年，紫竹林寺第一期工程竣工，女众部全体师生迁移新校址。今寺有比丘尼254人，释法源尼师为教务长，主持女众部。